Kể từ đó đến nay, sự vận hành của cơ chế Đảng lãnh đạo, Nhà nước quản lý, nhân dân làm chủ ngày càng được cụ thể hóa và hoạt động hiệu quả, thể hiện rõ tính ưu việt mối quan hệ Đảng-Nhà nước-Nhân dân trong chế độ xã hội chủ nghĩa (XHCN) ở Việt Nam. Kế thừa kinh nghiệm và kết quả 30 năm thực hiện đường lối đổi mới; trước yêu cầu nhiệm vụ xây dựng và bảo vệ Tổ quốc trong tình hình mới, Văn kiện và Nghị quyết Đại hội XII của Đảng khẳng định: Tiếp tục thể chế hóa, cụ thể hóa mối quan hệ Đảng lãnh đạo, Nhà nước quản lý, nhân dân làm chủ, nhất là nội dung “nhân dân làm chủ” và phương châm "Dân biết, dân bàn, dân làm, dân kiểm tra, giám sát"; coi đó là một trong những phương thức hữu hiệu để đưa Nghị quyết Đại hội XII của Đảng vào cuộc sống.

Trước hết, về Đảng lãnh đạo: Nhất quán với quan điểm, chủ trương, đường lối mà Đảng ta đã nêu ra qua các kỳ đại hội, tại Đại hội XII, Đảng ta tiếp tục khẳng định: Đảng lãnh đạo là yếu tố tiên quyết bảo đảm sự vận hành của cơ chế, làm cho cơ chế Đảng lãnh đạo, Nhà nước quản lý, nhân dân làm chủ đạt hiệu quả, thực sự đi vào cuộc sống. Sự khẳng định vai trò lãnh đạo của Đảng đối với Nhà nước, xã hội và cách mạng Việt Nam là vấn đề có tính nguyên tắc. Đây là quy luật khách quan, không tự nhiên mà có và không phải cứ tự nhận mà được. Bởi lẽ, sự lãnh đạo của Đảng đối với cách mạng Việt Nam đã được nhân dân thừa nhận từ sự kiểm nghiệm của thực tiễn lịch sử đấu tranh giải phóng dân tộc, thống nhất đất nước; tiến hành công cuộc đổi mới, xây dựng và bảo vệ Tổ quốc; đem lại hòa bình, độc lập, tự do, ấm no, hạnh phúc cho nhân dân.

Để Đảng ta hoàn thành sứ mệnh lãnh đạo Nhà nước và xã hội, đáp ứng sự kỳ vọng, mong muốn của nhân dân, Đảng phải “đoàn kết, đổi mới, dân chủ, trí tuệ, kỷ cương”, có đường lối lãnh đạo đúng đắn và sáng suốt; có biện pháp nhân lên sức mạnh nội sinh, phát huy cao nhất sức mạnh của khối đại đoàn kết toàn dân tộc và thời đại; tạo mọi điều kiện thuận lợi để nhân dân làm chủ xã hội và phát huy tốt vai trò quản lý của Nhà nước ngay từng địa phương, cơ sở. Cùng với đó, Đảng phải đẩy mạnh đấu tranh phòng, chống nguy cơ thoái hóa, biến chất, “tự diễn biến”, “tự chuyển hóa” trong nội bộ; chủ động, tích cực đấu tranh phòng, chống chiến lược “diễn biến hòa bình” của các thế lực thù địch. Không để đất nước bị động, bất ngờ. Điều đó chỉ có thể thực hiện tốt khi cơ chế vận hành: Đảng lãnh đạo, Nhà nước quản lý, nhân dân làm chủ được tiếp tục phát huy cao nhất; trong đó, Đảng phải thật sự là nhân tố lãnh đạo có trí tuệ, là đạo đức, là văn minh. Đại hội XII của Đảng nêu rõ nhiệm vụ và giải pháp trên 15 vấn đề lớn, trong đó “đổi mới phương thức lãnh đạo của Đảng” được xác định là: “Tiếp tục cụ thể hóa phương thức lãnh đạo của Đảng đã được xác định trong Cương lĩnh xây dựng đất nước trong thời kỳ quá độ lên chủ nghĩa xã hội (bổ sung, phát triển năm 2011) ở tất cả các cấp bằng những quy chế, quy định, quy trình cụ thể. Quy định rõ hơn Đảng phục vụ nhân dân, chịu sự giám sát của nhân dân về những quyết định của mình”.

Thứ hai, về Nhà nước quản lý: Đây là yếu tố quyết định trực tiếp sự thành công, tính hiệu quả trong vận hành cơ chế. Đại hội XII chỉ rõ: Nhà nước ta là Nhà nước pháp quyền XHCN của nhân dân, do nhân dân, vì nhân dân, đặt dưới sự lãnh đạo của Đảng Cộng sản Việt Nam. Vì vậy, xây dựng và hoàn thiện Nhà nước pháp quyền XHCN ở Việt Nam; một mặt, Đảng đề cao vị trí, vai trò tối thượng của Hiến pháp, pháp luật đối với mọi mặt của đời sống xã hội. Mặt khác, khẳng định vai trò lãnh đạo của Đảng đối với Nhà nước và xã hội thông qua cương lĩnh, chủ trương, đường lối của Đảng, bởi nó được thể chế hóa qua hoạt động của Nhà nước; đặc biệt là thông qua công tác tổ chức cán bộ, Đảng thống nhất lãnh đạo, quản lý công tác này của cả hệ thống chính trị, trong đó chú trọng đào tạo, bồi dưỡng và sử dụng đội ngũ cán bộ công chức, viên chức và làm cho bộ máy Nhà nước hoạt động có hiệu quả nhất. Điều đó là hoàn toàn phù hợp với điều kiện nước ta, được khẳng định trong Điều lệ Đảng và hiến định trong Hiến pháp năm 2013. Bởi lẽ, Đảng ta là đảng cầm quyền, là hạt nhân lãnh đạo của hệ thống chính trị. Khâu then chốt có ý nghĩa quyết định làm cho cơ chế Đảng lãnh đạo, Nhà nước quản lý, nhân dân làm chủ vận hành thông suốt, có hiệu quả là Đảng phải thật sự trong sạch, vững mạnh về chính trị tư tưởng, tổ chức và đạo đức, gắn bó máu thịt với nhân dân vì nhân dân là yếu tố trung tâm của mọi quyền lực, là cội nguồn sức mạnh, bí quyết của mọi thành công. Vì vậy, mọi biểu hiện xa dân, coi thường dân, ức hiếp dân, gây phiền phức cho dân... đều làm cho Đảng tự suy yếu, lỏng lẻo, cơ chế Đảng lãnh đạo, Nhà nước quản lý, nhân dân làm chủ bị phá vỡ. 

Chúng ta ý thức sâu sắc rằng, Nhà nước mạnh thì Đảng cầm quyền mới mạnh; Nhà nước vững mạnh thì quyền làm chủ của nhân dân mới được bảo đảm và phát huy cao nhất. Nhà nước và hoạt động của Nhà nước từ Trung ương đến cơ sở ngày càng nhận được sự ủng hộ của mọi tầng lớp nhân dân thì hiệu quả hoạt động của Nhà nước ngày càng cao, xã hội càng dân chủ; mục tiêu, lý tưởng của Đảng mới được thực hiện. Vì vậy, để tiếp tục hoàn thiện Nhà nước pháp quyền XHCN của nhân dân, do nhân dân và vì nhân dân, Văn kiện Đại hội XII của Đảng khẳng định: “Thực hiện thí điểm dân trực tiếp bầu một số chức danh ở cơ sở và ở cấp huyện”. Đây là một trong những giải pháp nhằm thực hiện quyền làm chủ trực tiếp của nhân dân ngay từ địa phương.

Thứ ba, về nhân dân làm chủ: Đây là yếu tố trung tâm của cơ chế Đảng lãnh đạo, Nhà nước quản lý, nhân dân làm chủ. Tầm quan trọng đặc biệt của yếu tố này biểu hiện ở chỗ: Quyền lực của Đảng và Nhà nước đều từ quyền lực của nhân dân. Trong lịch sử Việt Nam, ông cha ta luôn đề cao và đặt lên hàng đầu vai trò của nhân dân trong cấu tạo quyền lực nhà nước và quyền lực xã hội. Đảng ta ra đời, tồn tại, phát triển không vì mục đích tự thân mà vì hạnh phúc của nhân dân. Điều này được thể hiện nhất quán hơn 86 năm lãnh đạo cách mạng Việt Nam, từ quan điểm lý luận đến thực tiễn cuộc sống. Vì vậy, Đại hội XII của Đảng tiếp tục khẳng định: Đảng Cộng sản Việt Nam là đội tiên phong của giai cấp công nhân, đồng thời là đội tiên phong của nhân dân lao động và của dân tộc Việt Nam; đại biểu trung thành lợi ích của giai cấp công nhân, nhân dân lao động và của dân tộc. Mục đích duy nhất của Đảng ta là đấu tranh giành độc lập dân tộc, thống nhất Tổ quốc, xây dựng đất nước giàu mạnh, phồn vinh, đồng bào được sống trong tự do, ấm no, hạnh phúc. Nhờ vậy, Đảng và Nhà nước ta luôn phát huy được sức mạnh của nhân dân để tiến hành đấu tranh giành và giữ vững độc lập, tự do và tiến hành thắng lợi công cuộc đổi mới, xây dựng và bảo vệ Tổ quốc.

Tuy nhiên, trong thực tế, có lúc, có nơi vai trò làm chủ của nhân dân vẫn còn mờ nhạt. Ở một số nơi, quyền làm chủ của nhân dân vẫn bị vi phạm... Văn kiện Đại hội XII chỉ rõ: “Sức mạnh đại đoàn kết toàn dân tộc chưa được phát huy đầy đủ, có lúc, có nơi chưa phát huy được vai trò, sức mạnh của nhân dân” và “Quyền làm chủ của nhân dân ở nhiều nơi, nhiều lĩnh vực còn bị vi phạm. Có lúc, có nơi, việc thực hiện dân chủ còn hạn chế, hoặc mang tính hình thức”. Đây chính là vấn đề mà Đảng và Nhà nước ta cần phải nghiên cứu, giải quyết, nhằm phát huy tốt hơn nữa vai trò làm chủ của nhân dân trong thời kỳ mới.

Để tiếp tục vận hành cơ chế Đảng lãnh đạo, Nhà nước quản lý, nhân dân làm chủ trong tình hình mới hiệu quả hơn, Đại hội XII của Đảng chỉ rõ cần tập trung thực hiện tốt những vấn đề cơ bản sau đây:

Một là, đẩy mạnh việc thể chế hóa bằng pháp luật và sớm đưa vào đời sống mọi chủ trương, đường lối của Đảng, nhất là Văn kiện Đại hội XII. Hiến pháp năm 2013 xác định: Đảng là thành viên và đồng thời là hạt nhân của hệ thống chính trị, Đảng lãnh đạo Nhà nước và toàn xã hội; Đảng hoạt động trong khuôn khổ của Hiến pháp và pháp luật... Vì vậy, trong các văn bản quy phạm pháp luật, cần quy định rõ, cụ thể chức năng, nhiệm vụ của Đảng cầm quyền phù hợp với Hiến pháp và pháp luật. Cán bộ đảng viên phải thực hiện nghiêm Hiến pháp và pháp luật. Đây là những quy định bảo đảm cho Đảng luôn là một tổ chức chặt chẽ, giữ vững vai trò lãnh đạo, không lạm quyền, bao biện, làm thay chức năng, nhiệm vụ của Nhà nước, của Mặt trận Tổ quốc và các đoàn thể chính trị-xã hội khác.

Hai là, tạo mọi điều kiện thuận lợi để nhân dân trực tiếp thể hiện, thực hiện quyền làm chủ trong hoạt động của Đảng, Nhà nước và hoạt động xã hội. Đại hội XII của Đảng khẳng định chúng ta xây dựng một xã hội do nhân dân làm chủ, quyền lực và hạnh phúc thuộc về nhân dân. Vì vậy, Đảng, Nhà nước cần tạo ra nhiều “kênh” để nhân dân thực hiện quyền làm chủ trực tiếp của mình, cần tổ chức nhiều đợt lấy ý kiến của nhân dân; phát huy quyền làm chủ về chính trị của mình đối với các vấn đề trọng đại của đất nước. Thực hiện tốt phương châm: Dân biết, dân bàn, dân làm, dân kiểm tra, giám sát và quản lý mọi hoạt động của xã hội, của Đảng, Nhà nước theo Hiến pháp và pháp luật.

Ba là, tiếp tục xây dựng và hoàn thiện Nhà nước pháp quyền XHCN của nhân dân, do nhân dân, vì nhân dân dưới sự lãnh đạo của Đảng, đúng tinh thần Đại hội XII của Đảng. Cần tuyên truyền, giáo dục cho mọi người dân thực hiện: “Sống và làm việc theo Hiến pháp và pháp luật”, mọi người dân, bất kể là ai đều phải tuân thủ Hiến pháp và pháp luật; Nhà nước phải chịu sự lãnh đạo của Đảng và sự lãnh đạo ấy phải được thể chế bằng luật định; phải có quy định rõ ràng để bảo đảm tất cả mọi quyền lực đều thuộc về nhân dân; nhân dân có quyền kiểm soát Nhà nước, có quyền bãi miễn những đại biểu do mình bầu ra, nếu đại biểu đó mất tư cách và không làm tròn nhiệm vụ. Nhà nước tôn trọng và khuyến khích sự hoạt động của các tổ chức chính trị-xã hội theo đúng luật định. Đây chính là sự biểu hiện rõ nhất vai trò: “Nhà nước của dân, do dân, vì dân”; đồng thời, cũng là điểm biểu hiện rõ tư cách “nhân dân làm chủ” xã hội.

Đại hội XII của Đảng tiếp tục khẳng định cơ chế Đảng lãnh đạo, Nhà nước quản lý, Nhân dân làm chủ không chỉ thể hiện sự nhất quán về quan điểm, đường lối, phương thức lãnh đạo của Đảng, mà còn khẳng định cơ chế này là bảo đảm chắc chắn nhất cho sự thành công của sự nghiệp xây dựng và bảo vệ Tổ quốc Việt Nam xã hội chủ nghĩa. Một trong những “chìa khóa” để thực hiện thành công cơ chế đó, như Văn kiện Đại hội XII khẳng định: “Đoàn kết trong Đảng là hạt nhân, là cơ sở vững chắc để xây dựng khối đại đoàn kết toàn dân tộc”; “Nhà nước bảo đảm và phát huy quyền làm chủ của nhân dân; công nhận, tôn trọng, bảo vệ và bảo đảm quyền con người, quyền công dân”.