Trước khi có Luật Bảo vệ môi trường (năm 1993), việc bảo tồn thiên nhiên ở nước ta chủ yếu là thành lập các rừng đặc dụng; rừng đặc dụng Cù Lao Chàm được thành lập theo Quyết định của Chủ tịch Hội đồng Bộ trưởng với diện tích 1.535 ha. Khi đó, bảo tồn đa dạng sinh học (ĐDSH) và môi trường biển còn chưa được chú ý đúng mức, các hải sản ven bờ bị khai thác cạn kiệt, quản lý môi trường, nhất là chất thải còn nhiều bất cập.
Năm 1999, các cơ quan hữu quan trong nước cùng với Ngân hàng Châu Á đã nghiên cứu phác thảo Kế hoạch cho các Khu Bảo tồn biển (BTB) của Việt Nam, trong đó có đề xuất thành lập Khu BTB Cù Lao Chàm. Diện tích đề xuất Khu BTB Cù Lao Chàm gồm cả rừng và biển là 6.719 ha (diện tích rừng là 1.544 ha, diện tích biển là 5.175 ha). Năm 2003, ngành chức năng của tỉnh Quảng Nam đã triển khai Dự án thí điểm xây dựng Khu BTB Cù Lao Chàm. Đến ngày 24/3/2006, UBND tỉnh Quảng Nam ban hành Quyết định số 888/QĐ-UBND chính thức thành lập Ban Quản lý Khu BTB Cù Lao Chàm. Hiện nay, toàn bộ Khu BTB Cù Lao Chàm là vùng lõi của Khu Dự trữ sinh quyển (DTSQ) thế giới Cù Lao Chàm - Hội An, đã được UNESCO công nhận vào ngày 26/5/2009.
Trong quá trình xây dựng Khu BTB Cù Lao Chàm từ năm 2003 đến nay, công tác dân vận được đặc biệt quan tâm và đem lại kết quả thiết thực về nhiều mặt. Sau đây là một số kinh nghiệm thực hiện công tác dân vận trong BTB Cù Lao Chàm.
Thứ nhất, tổ chức các hoạt động thông tin, tuyên truyền một cách minh bạch để nâng cao nhận thức cộng đồng về nhiệm vụ được triển khai. Bảo vệ tài nguyên, môi trường, nhất là BTB là vấn đề rất mới, nhạy cảm. Lúc đầu, cộng đồng nghĩ rằng, bảo tồn ĐDSH biển sẽ ảnh hưởng đến đời sống của họ. Vì vậy, muốn xây dựng thành công khu BTB, trước hết phải nâng cao nhận thức của cộng đồng, làm cho cộng đồng hiểu được tính khoa học và thực tiễn của việc bảo tồn ĐDSH. Về tính khoa học, BQL Dự án đã cung cấp thông tin, chứng minh cho cộng đồng hiểu rằng, bảo tồn ĐDSH sẽ đảm bảo phát triển bền vững, lâu dài. Vì, chính bảo vệ các rạn san hô, các thảm cỏ biển là bảo vệ những mái nhà cho các loài sinh vật, đặc sản quý như các loại cá, loài tôm sinh sống, phát triển. Nếu cộng đồng có kế hoạch bảo vệ và khai thác chúng hợp lý thì sẽ đem lại lợi ích lâu dài… Về tính thực tiễn, trước mắt phải vận động nhân dân chuyển đổi ngành nghề đánh bắt ven bờ, nhất là đánh bắt tại các rạn san hô, nên đã công khai cho cộng đồng biết về Kế hoạch sinh kế bền vững, sẽ hỗ trợ ổn định, phát triển kinh tế đối với những hộ chuyển đổi ngành nghề khai thác hải sản ven bờ, đánh bắt trong rạn san hô, như chuyển sang làm du lịch, các ngành nghề sản xuất, dịch vụ khác…
Thứ hai, triển khai thực hiện đồng thời nhiều hình thức vận động, tuyên truyền phù hợp với từng đối tượng nhằm nâng cao nhận thức cộng đồng. Nâng cao nhận thức cộng đồng về bảo tồn ĐDSH được coi là chiến lược lâu dài và được Ban Quản lý Khu BTB xây dựng kế hoạch thực hiện cụ thể cho từng giai đoạn, hàng năm bằng nhiều hình thức khác nhau như tài liệu có hình ảnh minh họạ trực quan, pa-nô, áp-phích, các tờ rơi dùng cho các đối tượng, tổ chức các buổi sinh hoạt động đồng tuyên truyền BVMT, sinh thái Cù Lao Chàm từ rừng đến biển, nhất là các rạn san hô, bảo vệ và khai thác bền vững nguồn lợi thủy sản… Công tác truyền thông, nâng cao nhận thức cộng đồng được tập trung ở các trường học, các nhóm đối tượng là phụ nữ, lãnh đạo xã, thôn, ngư dân. Ban Quản lý đã tổ chức các hoạt động văn hóa, văn nghệ để tuyên truyền nâng cao nhận thức về BVMT như hoạt động “Đêm Cù Lao” để tuyên truyền về Cù Lao Chàm và tạo điều kiện giao lưu văn hóa giữa người dân Cù Lao Chàm với du khách. Được du khách và nhân dân rất hoan nghênh.
Ngoài việc tổ chức các hoạt động tuyên truyền, vận động nâng cao nhận thức cho nhân dân tại địa phương, Ban Quản lý đã tổ chức cho đại diện các tầng lớp nhân dân Cù Lao Chàm đi tham quan, học tập về BTB trong và ngoài nước. Qua tham quan thực tế về BTB, nhận thức và sự đồng thuận của cộng đồng không những được nâng cao, mà các hoạt động của cộng đồng về BVMT, bảo vệ ĐDSH được cộng đồng quan tâm và tham gia tích cực.
Thứ ba, công tác vận động quần chúng phải thật sự phát huy dân chủ, lắng nghe ý kiến cộng đồng để điều chỉnh các hoạt động của khu BTB phù hợp. Trong công tác tuyên truyền, vận động, không nên thông tin một chiều, mà cần lắng nghe ý kiến góp ý phản biện, nguyện vọng của cộng đồng về nhiệm vụ được triển khai để có điều chỉnh phù hợp. Trong quá trình xây dựng Khu BTB Cù Lao Chàm, việc khó khăn nhất là phân vùng quản lý khu BTB. Theo Quy chế ban hành kèm theo Quyết định số 88, ngày 20/12/2005 của UBND tỉnh Quảng Nam, Khu BTB Cù Lao Chàm được phân thành các vùng sau đây: Vùng bảo vệ nghiêm ngặt (vùng lõi), vùng phục hồi sinh thái và vùng phát triển (gồm vùng phát triển du lịch, vùng phát triển cộng đồng và vùng khai thác hợp lý). Để có thể phân được các vùng này, Ban Quản lý phải tham vấn cộng đồng từ lãnh đạo, quản lý đến nhân dân, trong đó có các ngư dân, là những người đã hiểu rất nhiều về vùng biển Cù Lao Chàm, cùng với kết quả khảo sát thực tế, mới có thể thống nhất đề xuất với UBND tỉnh Quảng Nam quyết định về Quy chế quản lý, trong đó có phân vùng Khu BTB Cù Lao Chàm.
Trong quá trình thực hiện, Ban Quản lý cũng đã tổ chức nhiều cuộc hội thảo khoa học, các cuộc tọa đàm để tham vấn ý kiến của những nhà khoa học, lãnh đạo, quản lý và của cộng đồng từ vấn đề lớn liên quan đến bảo tồn và phát triển Cù Lao Chàm đến những vấn đề cụ thể về mặt khoa học và thực tiễn trong bảo tồn ĐDSH tại Cù Lao Chàm.
Thứ tư, từ nâng cao nhận thức, cần phải giao cho cộng đồng tổ chức các hoạt động tự quản để bảo tồn và phát triển. Với ý thức rằng, việc quản lý Khu BTB Cù Lao Chàm không chỉ là trách nhiệm của Ban Quản lý, mà là của cả hệ thống chính trị, nhất là cộng đồng dân cư, vì đời sống của họ gắn với Cù Lao Chàm hàng bao đời nay. Vì vậy, từ tháng 3/2004, Ban Quản lý đã đề nghị UBND xã Tân Hiệp thành lập Câu lạc bộ BTB có sự tham gia của các đoàn thể, các cơ quan chức năng về an ninh, quốc phòng, các cơ quan của xã và đại diện các thôn. Đây là tổ chức cộng đồng BTB Cù Lao Chàm đầu tiên.
Trong hơn 15 năm qua, Khu BTB Cù Lao Chàm đã triển khai nhiều mô hình quản lý của cộng đồng để bảo vệ các loài đặc sản ở Cù Lao Chàm như cua đá, tôm hùm, ốc vú nàng. Hội Nông dân xã Tân Hiệp thực hiện Dự án “Cộng đồng tham gia phục hồi tự nhiên và khai thác bền vững cua đá Cù Lao Chàm”, đã thành lập Tổ Cộng đồng bảo vệ và khai thác cua đá với 33 thành viên, hoạt động theo quy ước được UBND xã xác nhận. Đối với việc bảo tồn tôm hùm, ốc vú nàng, Ban Quản lý Dự án đã thống nhất với cộng đồng dân cư Cù Lao Chàm về Kế hoạch quản lý và thành lập các tổ tự quản cộng đồng khai thác - bảo vệ; thực hiện truyền thông; cam kết không khai thác tôm hùm, ốc vú nàng có kích thước nhỏ hơn quy định,…
Mô hình quản lý Khu BTB Cù Lao Chàm có sự tham gia của cộng đồng có hiệu quả là mô hình “Tiểu khu Bảo tồn biển thôn Bãi Hương, xã Tân Hiệp” đã được triển khai thực hiện trong giai đoạn 2011 -2013 và tiếp tục cho đến nay. Quy chế quản lý Tiểu khu Đồng quản lý BTB Bãi Hương đã được UBND tỉnh phê duyệt và ban hành ngày 03/7/2013. Đây là cơ sở pháp lý quan trọng của Tiểu khu BTB Bãi Hương, Cù Lao Chàm. Theo Quy chế, ngư dân thôn Bãi Hương được giao quản lý diện tích mặt biển tại thôn là 19,05km2. Ngư dân không những quản lý, bảo vệ mà đã biết cách phục hồi các rạn san hô tại đây nhằm bảo vệ và khai thác hợp lý các loài đặc sản. Cộng đồng Cù Lao Chàm cũng đã đi đầu trong bảo vệ môi trường, chống rác thải nhựa với các chương trình “Nói không với túi ni-lông”, “Cù Lao Chàm cam kết không sử dụng ống hút nhựa”…