Bên cạnh kết quả đạt được, việc thực hiện QCDC ở cơ sở vẫn còn một số tồn tại, yếu kém. BCĐ QCDC nhiều nơi chưa xây dựng được quy chế hoạt động; có nơi chưa thành lập BCĐ, hoặc chưa kiện toàn BCĐ. Việc tổ chức hội nghị cán bộ, công chức, viên chức (CB-CC-VC) chưa đúng với mục đích, yêu cầu và chất lượng không cao; có nơi ban thanh tra nhân dân do thủ trưởng cơ quan ra quyết định. Việc theo dõi, chỉ đạo QCDC đối với các DN trên địa bàn chưa sâu sát, thiếu kiểm tra cụ thể, chưa phản ảnh đầy đủ tình hình dân chủ trong DN. Nhiều đơn vị, DN cho rằng, trách nhiệm thuộc công đoàn cấp huyện hoặc cấp tỉnh. Việc tổ chức hội nghị người lao động, đối thoại định kỳ trong DN ngoài nhà nước còn gặp nhiều khó khăn, chủ yếu do công đoàn các cấp yêu cầu, thuyết phục chủ DN mới làm. Việc thực hiện QCDC ở các DN khu vực ngoài nhà nước còn yếu.

Bên cạnh đó, hiện còn nhiều CB-CC-VC, kể cả lãnh đạo cơ quan, đơn vị chưa nắm bắt được ý nghĩa và tầm quan trọng của việc thực hiện QCDC ở cơ sở; chưa có kỹ năng, nghiệp vụ triển khai, kiểm tra, giám sát QCDC, công tác tuyên truyền, quán triệt chưa đầy đủ. Một số đơn vị sau khi tổ chức hội nghị CB-CC-VC, nội dung hội nghị không được phổ biến, triển khai để CB-CC-VC biết, thực hiện. Phần lớn UBND xã chưa có quy chế thi đua...

Để thực hiện tốt QCDC, các cấp, ngành, địa phương cần xác định việc thực hiện QCDC ở cơ sở là trách nhiệm của cả hệ thống chính trị, trước hết là trách nhiệm của người đứng đầu cấp ủy đảng các địa phương, đơn vị. Mặt khác, cần thường xuyên củng cố, kiện toàn và phát huy vai trò của BCĐ thực hiện QCDC các cấp; đội ngũ cán bộ, đảng viên, người đứng đầu đơn vị phải thực sự gương mẫu; đẩy mạnh cải cách hành chính, đấu tranh phòng, chống quan liêu, tham nhũng, lãng phí, thực hành tiết kiệm; thực hiện tốt công tác giải quyết khiếu nại, tố cáo của nhân dân; xây dựng đời sống văn hóa ở cơ sở. Bên cạnh đó, tăng cường tuyên truyền, giáo dục nâng cao ý thức chấp hành pháp luật trong nhân dân; củng cố, nâng cao chất lượng hoạt động của Mặt trận, đoàn thể ở cơ sở. Các cấp, ngành phải tạo mọi điều kiện để nhân dân tham gia đóng góp ý kiến trong việc xây dựng chính sách, pháp luật; tôn trọng, lắng nghe và tiếp thu ý kiến của nhân dân, sửa chữa sai sót một cách nghiêm túc.